A la tête de l’Eglise Evangélique Méthodiste (EEM) de Suisse se trouve l’évêque Patrick Streiff. En collaboration avec l’Eglise en Suisse, il dirige l’EEM dans 14 pays du Centre et du Sud de l’Europe ainsi qu’en Afrique du Nord. Bien que son siège soit situé à Zurich, il est souvent en route dans l’un des différents pays que compte son diocèse. Ses tâches comprennent notamment la conduite des conférences centrales et annuelles, ainsi que l’ordination et l’affectation des pasteurs et pasteures.

Le système des affectations est l’une des caractéristiques de l’EEM : ce ne sont pas les paroisses qui choisissent leurs pasteures ou pasteurs, mais l’évêque qui affecte les pasteurs aux différentes églises. Le Cabinet (cf. ci-dessous) étudie avec lui les diverses possibilités d’affectations et recherche le dialogue aussi bien avec les pasteurs qu’avec les paroisses concernés.

L’évêque Patrick Streiff est en outre membre du Conseil des évêques de la United Methodist Church qui siège en principe deux fois par an aux Etats-Unis. Il assume ainsi une importante fonction de liaison avec l’EEM mondiale. Il a été élu par la Conférence centrale du Centre et du Sud de l’Europe en mars 2005, puis réélu lors de la session de la conférence centrale de 2009. Son mandat a simultanément été prolongé à vie.

Le Cabinet est constitué par l’évêque Patrick Streiff et les quatre surintendants. Il se réunit une fois par mois au bureau de l’évêque à Zurich. En collaboration avec les différentes commissions et groupes de travail, l’organe dirigeant de l’EEM Suisse-France, aux termes du droit interne à l’Eglise,  est chargé de toutes les questions d’ordre spirituel et stratégique et consacre la majeure partie de son travail aux questions de personnel. La surintendante et les trois surintendants agissent en qualité de supérieurs directs des pasteures et pasteurs, qu’ils accompagnent dans leur ministère. Ils dirigent les assemblées de circuit dans leurs districts, mais assument aussi des tâches liées à l’ensemble de l’Eglise. Ils sont affectés à leur ministère par l’évêque. Leur mandat est en principe limité à huit ans, mais peut aller jusqu’à dix ans dans certains cas exceptionnels. L’EEM en Suisse et en France est divisée entre les quatre districts suivants : le district francophone, le district de Berne, le district du Nord-Ouest de la Suisse, le district du Nord-Est de la Suisse. Chaque district se trouve sous la houlette d’un surintendant ou d’une surintendante.

L’EEM Suisse étant juridiquement constituée sous la forme d’une association nationale, le Comité directeur est l’organe dirigeant de l’EEM Suisse aux termes du droit suisse applicable aux associations. Le Cabinet représente quant à lui l’organe dirigeant aux termes du droit interne à l’Eglise (cf. ci-dessus). Le Comité directeur traite principalement des questions financières et immobilières. Il siège cinq fois par an sous la présidence de Carla Holmes. Son vice-président est le pasteur Stefan Zolliker. Les surintendants sont membres d’office du Comité directeur.